如果您在比利时注册了 VAT，但后来又注销了公司，您需要办理以下手续：

1.提交注销申请：您需要向比利时税务机关提交注销申请，并提供相关的证明文件，例如公司注销证明、VAT 注销申请表等。

2.缴纳税款：在注销公司之前，您需要缴纳所有未缴的税款和罚款。

3.办理退款手续：如果您的公司在注销前有未使用的 VAT 退款，您需要向比利时税务机关办理退款手续。

4.注销 VAT 号码：在您的公司注销后，比利时税务机关将注销您的 VAT 号码。

需要注意的是，具体的手续和流程可能因地区和行业而异。建议您咨询专业的税务顾问或律师，以确保您的申请符合比利时的法律法规，并了解具体的手续和流程。