在日本注册公司的流程和资料如下：

1.确定公司内容（包括注册资本金、经营范围、事业年度、法人代表）。

2.日本公司商号查验（同一地址相同商号不能注册）。

3.定制日本公司印章（通常一个印章，也可定制三个印章：公司印章、角印、银行印）。

4.日本公司法人代表及董事身份证明书（外国人准备个人签字印章公证书、日本人或日本居住者提供个人印鉴证明）。

5.日本公司定款编制（章程）。

6.日本公司定款公证认证（株式会社需认证，合同会社无需认证）。

7.资本金的出资验证手续。

8.向日本法务局提交公司注册申请。

请注意，具体的流程和资料可能因地区、政策、公司类型等因素而有所不同，建议咨询当地的工商局或专业的代理机构。